Во пештерите, според Lattinger и Tvrtkovic (1986), постојат повеќе биотопи, односно заедници на жив свет кои се населени во:
- полумрачните влезови каде живиот свет се сменува во зависност од годишното време;
- внатрешните делови на пештерите каде на ѕидовите, пештерските украси и пукнатините живеат најтипичните копнени подземни организми;
- глинената подлога во која живеат автотрофни бактерии многу важни за исхраната на подземните организми кога се во фаза на кукла;
- гуано (измет од лилјаци) кој е воедно и најхранливиот супстрат во подземјето;
- тенките слоеви на вода кои се преливаат по пештерските ѕидови и украси;
- брзите подземни води;
- површината на заматените води;
- дното на мирните води каде живеат типични подземни водни животни;
- просторите помеѓу честиците песок и шљунак во водните наноси.
Организмите чиј цел животен циклус е врзан исклучиво за подземјето се нарекуваат троглобити (Troglobites). Тие се одликуваат со потполно губење на пигментот, закржлавени очи и значително подолги пипалки и сетилни влакна.

Троглофили (Troglophiles) се површински организми кои во подземјето поминуваат еден дел од годината (некои примероци може да останат поврзани со подземјето и целиот животен циклус) или пак то им служи како засолниште и привремено живеалиште. Вакви организми се: мечки, лилјаци, пештерски гулаби, пештерски скакулци и др.

Троглоксени (Trogloxenes) се животни кои во подземјето доспеваат случајно или пак се пасивно внесени со вода. Јасна граница меѓу троглофилите и троглоксените понекогаш е тешко да се определи.
Во подземните карстни облици може да се сретнат и бактерии и билки. Бактериите се особено застапени во гуаното, глинената подлога и во внесените органски остатоци. Печурките живеат во тлото или се паразити на инсектите, а во посетуваните пештери се развиваат од внесените спори. Растенијата се среќаваат во влезните делови каде има доволно светлина за асимилација, а се претставени со: мов (Bryophyta), лишаи (Lichenes) и папрати (Filicales).
Користена литература
1. Kre{i}, Neven. Karst i pecine Jugoslavije. Naucna knjiga, Beograd, 1988.
2. Колчаковски, Драган. Геоморфологија. Скопје, 2005: 267-322.
3. Lattinger L., Tvrtkovic N. Zivi svijet podzemja. Nase planine, 3-4, Zagreb (1986).
4. Стојановиќ, Милорад. Геологија и петрографија. Скопје, 1993.